Setiap cabang sains semakin bergantung pada kumpulan dan analisis data besar, yang berarti semakin membingungkan format dan platform — lebih dari merepotkan, ini dapat menghambat proses tinjauan sejawat dan replikasi penelitian. Code Ocean berharap dapat mempermudah para ilmuwan untuk berkolaborasi dengan membuat format dan platform yang fleksibel dan dapat dibagikan untuk setiap dan semua kumpulan data dan metode, dan telah mengumpulkan total $21 juta untuk membangunnya.

Tentu ada kesan “Terlalu banyak pilihan? Coba yang ini!” untuk ini (dan inilah XKCD relevan yang diperlukan). Tapi Code Ocean tidak menciptakan pesaing untuk alat yang sukses seperti Jupyter atau GitLab atau Docker — ini lebih merupakan platform wadah skala kecil yang memungkinkan Anda menggabungkan semua komponen yang diperlukan dari data dan analisis Anda dalam format yang mudah dibagikan, platform apa pun mereka hidup secara alami.

Masalah muncul ketika Anda perlu berbagi apa yang Anda lakukan dengan peneliti lain, apakah mereka duduk di sebelah Anda atau di universitas di seluruh negeri. Penting untuk tujuan replikasi bahwa analisis data — sama seperti teknik ilmiah lainnya — dilakukan dengan cara yang persis sama. Namun tidak ada jaminan bahwa kolega Anda akan menggunakan struktur, format, notasi, label, dan sebagainya yang sama.

Itu tidak berarti itu mustahil untuk membagikan pekerjaan Anda, tetapi itu menambahkan banyak langkah tambahan karena calon replikator atau iterator memeriksa dan memeriksa ulang apakah semua metodenya sama, bahwa versi yang sama dari alat yang sama digunakan dalam urutan yang sama, dengan pengaturan yang sama, dan seterusnya. Ketidakkonsistenan kecil dapat berdampak besar di kemudian hari.

Ternyata masalah ini mirip dengan berapa banyak layanan cloud yang diputar. Penyebaran perangkat lunak bisa sama rumitnya dengan eksperimen ilmiah, dan salah satu solusi untuk ini adalah wadah, yang seperti mesin virtual kecil menyertakan semua yang diperlukan untuk menyelesaikan tugas komputasi, dalam format portabel yang kompatibel dengan banyak pengaturan berbeda. Idenya wajar untuk ditransfer ke dunia penelitian, di mana Anda dapat menggabungkan semua data dalam satu paket yang rapi, perangkat lunak yang digunakan, serta teknik dan proses khusus yang digunakan untuk mencapai hasil tertentu. Setidaknya, itulah penawaran Code Ocean untuk platformnya dan “Compute Capsules”.

Kredit Gambar: Laut Kode

Katakanlah Anda seorang ahli mikrobiologi yang melihat keefektifan senyawa yang menjanjikan pada sel otot tertentu. Anda bekerja di R, menulis di RStudio di mesin Ubuntu, dan data Anda dikumpulkan selama pengamatan in vitro. Meskipun Anda secara alami akan mendeklarasikan semua ini saat Anda menerbitkan, tidak ada jaminan siapa pun memiliki laptop Ubuntu dengan pengaturan RStudio yang berfungsi, jadi bahkan jika Anda memberikan semua kode, itu mungkin sia-sia.

Namun, jika Anda meletakkannya di Code Ocean, seperti ini, itu membuat semua kode yang relevan tersedia, dan mampu diperiksa dan dijalankan tanpa modifikasi dengan satu klik, atau dimain-mainkan jika rekan kerja bertanya-tanya tentang bagian tertentu. Ini bekerja melalui satu tautan dan aplikasi web, lintas platform, dan bahkan dapat disematkan di halaman web seperti dokumen atau video. (Saya akan mencoba melakukannya di bawah, tetapi backend kami agak rewel. Kapsulnya sendiri ada di sini.)

Lebih dari itu, Compute Capsule dapat digunakan kembali oleh orang lain dengan data dan modifikasi baru. Mungkin teknik yang Anda taruh online adalah alat analisis urutan RNA tujuan umum yang berfungsi selama Anda memberinya data yang diformat dengan benar, dan itu adalah sesuatu yang harus dikodekan orang lain dari awal untuk memanfaatkan beberapa platform.

Yah, mereka hanya bisa mengkloning kapsul Anda, menjalankannya dengan data mereka sendiri dan mendapatkan hasil mereka sendiri selain memverifikasi milik Anda. Ini dapat dilakukan melalui situs web Code Ocean atau hanya dengan mengunduh file zip dari semuanya dan menjalankannya di komputer mereka sendiri, jika kebetulan mereka memiliki pengaturan yang kompatibel. Beberapa contoh kapsul lainnya dapat ditemukan di sini.

Kredit Gambar: Laut Kode

Teknik penelitian penyerbukan silang semacam ini sudah setua sains, tetapi eksperimen modern yang padat data sering kali berakhir dengan bungkam karena tidak dapat dengan mudah dibagikan dan diverifikasi meskipun kodenya tersedia secara teknis. Itu berarti peneliti lain melanjutkan, membangun barang mereka sendiri dan semakin memperkuat sistem silo.

Saat ini ada sekitar 2.000 kapsul komputasi publik di Code Ocean, yang sebagian besar terkait dengan makalah yang diterbitkan. Sebagian besar juga telah digunakan oleh orang lain, baik untuk mereplikasi atau mencoba sesuatu yang baru, dan beberapa, seperti pustaka kode sumber terbuka yang sangat spesifik, telah digunakan oleh ribuan orang.

Biasanya ada masalah keamanan saat bekerja dengan data kepemilikan atau sensitif medis, dan produk perusahaan memungkinkan seluruh sistem berjalan di platform cloud pribadi. Dengan cara itu akan lebih menjadi alat internal, dan di lembaga penelitian besar yang dengan sendirinya bisa sangat berguna.

Code Ocean berharap dengan menjadi seinklusif mungkin dalam hal basis kode, platform, layanan komputasi, dan sebagainya akan membuat lingkungan yang lebih kolaboratif di ujung tombak.

Jelas ambisi itu juga dimiliki oleh orang lain, karena perusahaan telah mengumpulkan $21 juta sejauh ini, $6 juta di antaranya merupakan investasi yang sebelumnya dirahasiakan dan $15 juta dalam putaran A yang diumumkan hari ini. Putaran A dipimpin oleh Battery Ventures, dengan Digitalis Ventures, EBSCO dan Vaal Partners berpartisipasi serta banyak lainnya.

Uang itu akan memungkinkan perusahaan untuk mengembangkan, meningkatkan, dan mempromosikan platformnya lebih lanjut. Jika beruntung, mereka akan segera menemukan diri mereka berada di antara udara tipis yang sering dihirup oleh SaaS cerdas semacam ini — diperlukan, sangat terintegrasi, dan menguntungkan.